הנהלת האגודה אחראית לבצע ולהניע את הפעילות השוטפת של האגודה.
ההנהלה מורכבת מיו"ר האגודה, סגנית היו"ר, ושישה ראשי שישה מדורים: אקדמיה, הסברה, כספים, מעורבות סטודנטיאלית, תרבות, ורווחה. יחד איתם פועלת מנהלת משאבי האנוש של האגודה.
כל מדור פועל לרווחת ציבור הסטודנטים בתחומו, ויו”ר האגודה ו/או מי מטעמו מייצגים את הסטודנטים בוועדות השונות באוניברסיטה: בית דין לערעורים, בית דין משמעתי, הוועד הפועל, סנאט, הועדה לענייני סטודנטים, חבר הנאמנים, ועדות ערעורים למלגות ומעונות ועוד.
